مرکز شرکت‌های دانش بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری بر این اساس در 8 سرفصل عمده، مراکز مشاوره ایجاد کرده است. شرکت‌های دانش بنیان می‌توانند سالانه تا 5 میلیون تومان از خدمات مشاوره بهره‌مند شوند.
آشنایی با قوانین کار و تجارت، بیمه، ملاحظات مالیاتی، حسابداری، تبعات حقوقی قراردادهای تجاری، اصول تیم‌سازی، مدیریت فناوری، توسعه کسب و کار، بازاریابی، فروش و... از جمله نیازهای اولیه شرکت‌های دانش‌بنیان برای دست‌یابی به اهداف شرکت در حوزه تجاری سازی هستند.
مشاوره در حوزه‌های مختلف تجاری‌سازی و کسب و کار در قالب پیشخوان مشاوره با حمایت معاونت علمی فناوری ریاست جمهوری به شرکت‌های دانش‌بنیان ارائه می‌شود.
مشاوره بیمه و مالیات
در این حوزه شرکت‌های دانش بنیان، غالباً در چهار بخش: مالیاتی، بیمه تامین اجتماعی، مسائل مرتبط با هیات حل اختلاف بیمه تامین اجتماعی و همچنین سوالات مربوط به هیات حل اختلاف مالیاتی، مشاوره دریافت می‌کنند.
توسعه بازار و فروش
« بازاریابی و فروش»، « تحقیقات بازار»، « بازاریابی بین الملل»، «تحقیقات بازار بین الملل»، «دیجیتال مارکتینگ»، «قیمت گذاری محصول»، «ارجاع کار و معاملات دولتی (مناقصات)» نیز از جمله حوزه‌های هستند که که شرکت‌های دانش بنیان برای توسعه بازار و فروش در آنها، مشاوره دریافت می‌کنند.
مشاوره در حوزه توسعه فنی محصول
شرکت‌های دانش بنیانی که در بخش توسعه فنی محصولات مشاوره دریافت می‌کنند عموماً در هفت حوزه فناوری فعالیت دارند.
«فناوری اطلاعات و ارتباطات»، «نفت،گاز و پتروشیمی»، «محصولات پلیمری و شیمیایی»، «طراحی صنعتی و بسته بندی»، «دارو و فرآورده‌های پیشرفته حوزه تشخیص و درمان»، «مواد پیشرفته»، «تجهیزات و ماشین آلات پیشرفته»، «الکترونیک، مخابرات، قدرت، لیزر، سامانه‌های هوشمند و تجهیزات پزشکی»، حوزه‌های هستند که می‌توانند به صورت تخصصی برای توسعه فنی محصولات دانش بنیان، مشاوره دریافت کنند.
حقوق و مالکیت فکری
این حوزه می‌تواند در بر گیرنده قوانین و مقررات گاهاً پیچیده‌ای باشد. بر این اساس مدیران شرکت‌های دانش بنیان همواره در این زمینه با سوالات و چالش‌های متعددی برخورد می‌کنند.
«کسب و کار»، «حقوق بین الملل»، «مشاوره تبادل فناوری»، «مشاوره ثبت اختراع بین الملل»، «ثبت علامت تجاری»، «جستجو تحلیل و استفاده از محتوای پتنت» و«قانون کار» از جمله برخی حوزه‌های است که در این سرفصل مورد توجه مشاوران و خبرگان هر حوزه قرار دارد و مشاوره‌های تخصصی در مورد آنها ارائه می‌شود.
صادرات و واردات
برای توسعه صادرات دانش بنیان و واردات احتمالی تجهیزات و مواد اولیه، شرکت‌های دانش بنیان نیازمند تسلط بر قوانین و جزئیات کاری قابل توجهی هستند.
بر این اساس، مدیران و نمایندگان شرکت‌های دانش بنیان می‌توانند در حوزه‌های: «گمرک و واردات»، «بازرگانی بین الملل و فرایند‌های صادرات»، « استراتژی صادرات»، «نقل و انتقال ارزی»، «حمل و نقل بین الملل» و «اصول و فنون مذاکرات و مکاتبات بین المللی» از معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری مشاوره دریافت کنند.
دریافت مشاوره از خبرگان
«مشاوره عمومی مدیریت» که خود حوزه‌های مختلفی را در بر می‌گیرد و «تامین منابع مالی» و «مشاوره ویژه تجارت با کشورهای منتخب»، سه حوزه دیگری هستند که برای آنها پنل ویژه مشاوره راه اندازی شده است و از مشاوران و خبرگان آن حوزه دعوت شده است تا به شرکت‌های دانش بنیان مشاوره ارائه دهند.