وحید احمدی معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم گفت: هرچند که شرکتهای دانش بنیان در ابتدای کار از مالیات معاف هستند اما مالیات طرح های پژوهشی، آنها را تحت تاثیر قرار داده،چرا که کار تحقیقاتی باید به محصول تبدیل شود.
وی ادامه داد: در واقع با توقف اکثر طرح‌های پژوهشی به دلیل مالیات، در کار شرکتهای دانش بنیان اختلال ایجاد می شود.
احمدی این موضوع را به دلیل اندک ناهماهنگی در تصویب قانون جدید معافیت‌های مالیاتی دانست و بیان کرد: شرکتهای دانش بنیان تا 15 سال از پرداخت مالیات معاف هستند.
معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم درباره پرداخت مالیات شرکت های دانش بنیان بعد از تاریخ مقرر اظهار داشت: قانون بدین صورت است که تا 15 سال به منظور شکل گیری و تقویت، این شرکت ها مالیات نپردازند و بعد از این زمان مطابق شرکت های عادی مالیات دهند.
وی یادآور شد: طبیعتا شرکت های دانش بنیان بعد از 15 سال به دلیل سابقه کاری نیازی به کمک دولت ندارند و باید مالیات دهند. دستورالعمل اجرایی فصل معافیت‌های مالیاتی و گمرکی، درآمد مشمول مالیات شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان ناشی از قراردادها و فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش بنیان در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش افزوده فراوان توسط همان شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان به مدت 15سال پس از تاریخ صدور مجوز برای هر شرکت یا موسسه دانش بنیان از مالیات موضوع ماده 105 قانون مالیات‌های مستقیم و از پرداخت عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادرات معاف است.