شرکت های دانش بنیان با ورود به بورس، مشمول مزایایی می شوند که دامنه آن از افزایش سرمایه تا معرفی آن برند به جامعه گسترش می یابد.
اگر چه معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری، 50 درصد از هزینه های ابتدایی پذیرش شرکت های دانش بنیان که وارد بازار شرکت های کوچک و متوسط فرابورس شوند را پرداخت می کند اما ورود این شرکت ها به بورس، مزایای بسیار دیگری هم برای آنان به همراه دارد. اخذ تسهیلات و افزایش سرمایهیکی از آن مزایا این است که سهامداران عمده و سایر سهامداران شرکت های پذیرفته شده در بورس و فرابورس، می توانند از طریق توثیق سهام شرکت متبوع خود، نسبت به اخذ تسهیلات از شبکه بانکی کشور اقدام کنند.همچنین شرکت ها می توانند برای تامین مالی پروژه های خود اقدام به انتشار اوراق مشارکت کنند.
با این شیوه به سرمایه گذاران و خریداران اوراق، این تعهد را می دهند که با پرداخت سود ثابت علی الحساب دوره ای، اصل سرمایه آنها را در سررسید بازپرداخت کنند.ضمن آن که امکان افزایش سرمایه شرکت های بورسی و فرابورسی از طریق یکی از چهار روش از محل سود انباشته، از محل آورده نقدی و مطالبات حال شده سهامداران، از محل تجدید ارزیابی دارایی ها و به روش صرف سهام، امکان پذیر است.سریعترین راه ممکن برای افزایش سرمایه پس از مدت کمی از محل آورده نقدی، عرضه اولیه سهام شرکت در بازارهای بورس و فرابورس است و امکان تامین مالی شرکت ها از طریق بورس و فرابورس ساده تر است.همچنین با توجه به رشد ارزش سهام شرکت های بورسی، سهامداران اولیه از طریق عرضه قسمت کوچکی از سهام خود توانسته اند وجوه سرمایه گذاری های اولیه خود را بازیافت کند.
مشوق ها و معافیت های مالیاتی گرچه شرکت های دانش بنیان از معافیت مالیات بر درآمد ناشی از قراردادها و فعالیت های تحقیق و توسعه، تجاری سازی و تولید محصولات و خدمات دانش بنیان در حوزه فناوری برتر و با ارزش افزوده فراوان به ویژه در تولید نرم افزارهای مربوطه برخوردار هستند، اما معادل ده درصد از مالیات بردرآمد حاصل از فروش کالاهایی که در بورس های کالایی پذیرفته شده و به فروش می‌رسد و 10 درصد از مالیات بر درآمد شرکت هایی که سهام آنها برای معامله در بورس های داخلی یا خارجی پذیرفته می شود، از سال پذیرش تا سالی که از فهرست شرکت های پذیرفته شده در این بورس ها یا بازارها حذف نشده اند با تایید سازمان بورس بخشوده می شود.
همچنین شرکت هایی که سهام آنها برای معامله در بورس های داخلی یا خارجی یا بازارهای خارج از بورس داخلی یا خارجی پذیرفته شود در صورتی که در پایان دوره مالی به تایید سازمان حداقل بیست درصد سهام شناور آزاد داشته باشند معادل دوبرابر معافیت های فوق از بخشودگی مالیاتی برخوردار می شوند. افزایش مخاطبان شرکت هاحضور در بورس، به لحاظ تبلیغاتی نیز برای شرکت ها مفید است چون با توجه به انعکاس اخبار و قیمت سهام شرکت های پذیرفته شده در بورس و فرابورس در سایت های رسمی، رسانه ها و سایر پایگاه های اطلاع رسانی، نام و برند این شرکت ها به صورت روزانه منتشر شده و موجب معرفی شرکت به آحاد جامعه، سرمایه گذاران، مشتریان و سایر افراد ذینفعان می شود.
همچنین با توجه به انعکاس اطلاعات مالی شرکت های پذیرفته شده در سایت رسمی سازمان بورس و اوراق بهادار و شرکت فرابورس ایران، دسترسی عموم علاقه مندان به اطلاعات قابل اتکا و استاندارد شده، مخاطبان شرکت افزایش یافته و افراد حقیقی یا حقوقی بیشتری به سرمایه گذاری در شرکت ترغیب می‌شوند.مرکز شرکت های دانش بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری، در کنار تمام این حمایت ها، مشاوره های زیادی به این شرکت ها برای حضور در بازار بورس و فرابورس می دهد.