اگرچه توسعه فعالیت‌های دانشبنیان در سال جاری، نهادها و دستگاه‌های اجرایی را به سمت حمایت از این کسب‌وکارها به حرکت درآورده، اما آژیر کوچ جمعی دانش‌بنیان‌ها به صدا درآمده است. موضوعی که پیشتر از سوی بخش خصوصی نسبت به آن هشدار داده شده‌بود. اما روز گذشته معاون وزیر صمت از مهاجرت این شرکت‌ها خبر داد و آن را خطرناک دانست. به گفته علیرضا شاه‌میرزایی، این روزها نخبگان شناسایی می‌شوند و به‌صورت تیمی از کشور خارج می‌شوند. کارشناسان عنوان می‌کنند که دلیل اصلی این مهاجرت به «مشکلات مالی شرکت‌های دانشبنیان»، «تحریم‌های بینالمللی» و به دنبال آن «بازارهای محدود» برمی‌گردد. هرچند بسته‌های مختلفی از سوی وزارتخانه‌ها و دستگاه‌های اجرایی برای تقویت بنیه مالی دانش‌بنیان‌ها تدوین شده است، اما فعالان اقتصادی بر این باورند که حمایت‌های مالی از طریق وام‌های ارزان، خطر ایجاد بی‌رویه شرکت‌های دانشبنیان را تداعی می‌کند و رانت‌هایی که به‌واسطه این شیوه به‌وجود می‌آید، خروج کارآفرینان واقعی را رقم می‌زند. در این راستا کارشناسان اعتقاد دارند در شرایطی می‌توان مانع از خروج کارآفرینان واقعی شد که اصلاح شیوه حمایت مالی از شرکت‌های دانشبنیان، رفع تحریم‌ها، کمک به توسعه بازار شرکت‌های دانشبنیان و پیوستن آنها به زنجیره ارزش جهانی محقق شود. اما بازوی پژوهشی وزارت صمت نیز در گزارشی به مسیرهایی برای «حمایت واقعی» از شرکت‌های دانشبنیان اشاره کرده است.
به‌طور کلی دو نگاه به توسعه اقتصاد دانشبنیان قابل‌طرح است. در نگاه محدود به این مفهوم، حمایت از توسعه شرکت‌های فناور کوچک و متوسط مترادف با اقتصاد دانشبنیان در نظر گرفته می‌شود و در نگاه دوم که دیدگاه وسیع و جامعی به این مفهوم دارد، بهبود بهره‌‌‌‌‌‌‌وری و رقابت‌پذیری بینالمللی شرکت‌های صنعتی و نوآوری مدل کسب‌وکار نیز در زیرمجموعه مفهوم اقتصاد دانشبنیان قرار می‌گیرند. در ایران تا چند سال‌گذشته بیشتر مفهوم محدود توسعه اقتصاد دانشبنیان مورد‌توجه بوده است. با این‌وجود در سال‌های اخیر تغییر قابل‌توجهی در توسعه این مفهوم در سطح کلان اتفاق افتاد و با توسعه زیست‌بوم نوآوری کشور، دیدگاه وسیع و رسوخ فناوری در توسعه اقتصاد دانشبنیان به نگاه غالب در کشور تبدیل شده است. در این پژوهش «حمایت‌های مستقیم و هدفمند»، «تقویت شرکت‌های دانشبنیان استانی بر اساس نیاز هر استان» و «پیوند شرکت‌های بزرگ صنعتی با شرکت‌های دانشبنیان برای تقویت پایه علمی آنها»برای حمایت از دانش‌بنیان‌ها مورد تاکید قرار گرفته است.
معاون وزیر صمت درخصوص کوچ جمعی دانش‌بنیان‌ها هشدار داد. به گفته علیرضا شاه‌میرزایی در حال‌حاضر با مشکل خروج نخبگان علمی و عملی مواجه هستیم که تیم تشکیل داده‌اند و شناسایی می‌شوند و به‌صورت تیمی خارج می‌شوند. او این رخداد را خطرناک دانسته است. از نگاه کارشناسان آنچه امروز منجر به خروج شرکت‌های دانشبنیان شده است، مشکلات مالی، تحریم‌های بینالمللی، بازارهای محدود و عدم‌امکان پیوستن آنها به زنجیره ارزش جهانی است. این موضوع را پیشتر فعالان اقتصادی بخش‌خصوصی هشدار داده بودند. آژیر خروج شرکت‌های دانشبنیان در حالی به صدا درآمده که بررسی‌ها نشان می‌دهد در سال‌های اخیر ایران به مکانی برای کارورزی نیروی انسانی شرکت‌های دانشبنیان بدل شده است. نیروهایی که بعد از یک دوره کوتاه یا میان‌مدت کار در این شرکت‌ها، سر از شرکت‌های بزرگ در‌می‌آورند. گذشته از این موضوع، اغلب شرکت‌های دانشبنیان ایرانی به بازارهای داخلی بسنده کرده و نگاه فراسرزمینی ندارند و در این صورت توسعه کسب‌وکار آنها نیز محقق نمی‌شود. علاوه‌بر این، نبود استاندارد لازم در این شرکت‌ها نیز در نهایت منجر به شکست کسب‌وکار دانش‌بنیان‌ها و در نهایت خروج نیروی انسانی از کشور شده است.
در عین حال با توجه به اینکه این دسته از شرکت‌ها نیز از مشکلات مالی مصون نمانده‌اند، همزمان با شعار سال۱۴۰۱، نهادها و دستگاه‌های مختلف برنامه‌هایی را برای شرکت‌های دانشبنیان تدارک دیده‌اند. موضوعی که با توجه به اهمیت آن بازوی پژوهشی وزارت صمت نیز چند پیشنهاد به سیاستگذار داده است. اولین پیشنهاد موسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی، توسعه زیرساخت‌های زیست‌بوم نوآوری و فناوری کشور با تاکید بر نقش‌آفرینی نهادهای مالی و توسعه‌‌‌‌‌‌‌ای است، در واقع توسعه نهادهای تامین‌مالی اقتصاد دانشبنیان از یک‌سو و زیرساخت‌هایی نظیر شتاب‌دهنده‌‌‌‌‌‌‌های نوآوری می‌تواند گزینه اول برای فراهم‌آوردن بستر مناسب برای شرکت‌های دانشبنیان باشد. پیشنهاد بعدی توسعه تولید محصولات دانشبنیان مبتنی بر توانمندی‌‌‌‌‌‌‌های هر استان است. توصیه سوم نیز به ایجاد زمینه همکاری اثربخش شرکت‌های بزرگ با شرکت‌های دانشبنیان اشاره دارد. در واقع در این پژوهش تاکید می‌شود، شرکت‌های بزرگ صنعتی از ظرفیت شرکت‌های دانشبنیان و فناور در توسعه بهره‌‌‌‌‌‌‌وری و رقابت‌پذیری خود استفاده کنند.